Rで単発のコードを実行するには，Consoleタブでコードを入力してEnterで実行する。Consoleには>というプロンプトが表示されるので，そこにコードを入力してEnterを押せば実行できる。基本的には，計算式や関数を入力して実行すれば，その結果が返される。
たとえば，単純な計算をやってみよう。Consoleに4 + 5と入力してEnterを押す。
計算結果[1] 9が返され，再びプロンプト>が表示される。結果の[1]の部分は，Rが返す計算結果の1つ目の要素であることを表している。ここでは，計算結果は1つだけであるが，ベクトルの計算などでは複数の値が返ってくる。結果が一行におさまらない場合には，行の先頭の結果が何番目の要素であるかが表示される。
たとえば，1から100までの数字を返す1:100を実行してみよう。
1:100 [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
[19] 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
[37] 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
[55] 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72
[73] 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90
[91] 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100ウィンドウのサイズによるが，この例では1行あたり18個の要素が表示されている。2行目の先頭は19番目の要素なので，[19]と表示されている。同様に3行目の先頭は37番目の要素なので，[37]と表示されている。
今後，Rのコードと実行結果は，このような囲みの中に表記する。
Rでは，さまざまな情報を記憶するための「箱」のことをオブジェクトという。Rのオブジェクトには，数値や文字列などが格納されるベクトルや行列，データフレームなど，さまざまな構造がある。
オブジェクトの名前は比較的自由につけることができる。日本語 (漢字)を使うこともできるが，原則として英数字とアンダースコア_だけにしよう。また，Rのオブジェクトの名前は大文字と小文字とを区別する。
たとえば，aという変数に2という数値，bという変数に2.5という数値を記憶させてみよう。
a <- 2
b <- 2.5このような操作を代入という。代入が正しく行われたかどうかを確認してみよう。
a[1] 2b[1] 2.5a + b[1] 4.5a * b[1] 5a，bの変数にそれぞれ2，2.5という数値が代入されていて，a，bを用いた計算もできることがわかる。
また，RStudioの”Environment”タブにオブジェクト名a，bと，代入された値が表示されていることもあわせて確認しよう。
変数には，数値だけではなく，文字列を代入することもできる。文字列は，ダブルクオーテーション" "，もしくはシングルクオーテーション' 'で囲う。
name <- '大阪 太郎'
gender <- "男"
age <- "20" # ""で囲っているので文字列として扱われる
nameという変数には”大阪 太郎”という文字列，genderという変数には”男”という文字列，ageという変数には”20”という文字列が代入されていることがわかる。
ここで，ageに代入されている”20”は，20という数値ではなく，文字列として扱われていることに注意しよう。そのため，ageを数値として計算に用いることはできず，下のようなエラーとなる。
age + 10Error in age + 10: non-numeric argument to binary operator変数には内容によっていくつかの型 (type)がある。ここでは，a，bは数値型(numeric)，name，gender，ageは文字列型(character)となる。
EnvironmentタブをList表示からGrid表示に切り替えれば，オブジェクトの型を確認することができる。
文字列型の変数を数値型に変換したい場合には，as.numeric()関数を用いる。
as.numeric(age) + 10[1] 30この例ではageは文字列型だが，as.numeric(age)でageを数値型に変換している。数値型に変換されているので，計算を行うことができる。
逆に数値型の変数を文字列型に変換するには，as.character()関数を用いる。
1つのオブジェクトに，複数の数値や文字列を代入することもできる。複数の数値や文字列が格納されたオブジェクトをベクトルという。Rではデータ構造の最小単位はベクトルである。上で用いた「変数」も長さ (要素の数)が1のベクトルであるが，わかりやすく「変数」と呼ぶことにする。
たとえば，nameというベクトルに3人の名前を代入し，ageというベクトルに3人の年齢を代入してみよう。ベクトルは，c(要素1,要素2,...)で表す。
name <- c("大阪 太郎", "兵庫 次郎", "京都 花子")
age <- c(19, 21, 20)nameとageの内容を確認してみよう。
name[1] "大阪 太郎" "兵庫 次郎" "京都 花子"age[1] 19 21 20nameとageの内容が先ほどのものと置き換わっていることがわかる。Rでは既存のオブジェクトに改めて別の内容を代入すると，中身が置き換えられる。
Environmentタブで確認すると，nameとageのLengthが1から3へと変わっていることがわかる。Lengthはベクトルの長さを表す。
ベクトルから1つの要素を取り出すには，ベクトル名のあとに[要素番号]をつける。ただし，ベクトルの要素番号は1から始まることに注意しよう(言語によっては0から始まるものもあるので混乱しないよう)。たとえば，nameというベクトルの2番目の要素を取り出すのであれば，次のように書く。
name[2][1] "兵庫 次郎"実際にはコンソールに単発のコードを入力して実行するよりも，スクリプトファイルにコードを書いてそれを実行することの方が多い。新しいスクリプトファイルは，RStudioのメニューから[File] > [New File] > [R Script]を選択すれば作成できる。
スクリプトファイルでは，[Ctrl] + [Enter]を押すと，カーソルのある行のコードが実行され，カーソルが次の行に移動する。これによって1行ずつ実行結果を確認しながら実行していくことができる。
範囲を指定して[Ctrl] + [Enter]を押すと，選択された範囲のコードが順に実行される。また，[Ctrl] + [Shift] + [Enter]を押すと，コードが最初からすべて実行される。
Consoleで単発のコードを実行した場合にも，Histroyタブからスクリプト・ファイルへ実行したコマンドを貼り付けていくと良い。そうすれば，いつでも作業を最初から再現できる。研究では，結果を再現できることが極めて重要。
スクリプトファイルを書く際には，以下のようなルールに則って書くようにしよう (あくまでコードの視認性のためのルールであり，コードが動かないわけではない)。詳細なルールは，Tidyverse Style Guideを参照。
ただし，最初からすべて覚えようとすると大変なので，他の人が書いたコードを見たり，自分で視認性を意識しながらコードを書いたりして，少しずつ慣れていけば良い。
また，RStudioをはじめとするコードエディタには，上記のようなルールを適用して，コードを自動でフォーマットする機能がある。
スクリプトファイルのなかで#を書くと，その位置から行の終わりまでがコメントとして扱われる。したがって，行の先頭に#を書けば，その行はすべてコメントとして扱われる。コメントはコードを実行する際には無視されるので，コードの説明やメモなどを自由に書き込んでおくと良い。
スクリプトファイルを書くときには，,や+, -などの演算子の前後にはスペースを入れるのがルール (コードを見やすくするためのルールであり，スペースを入れなくてもコードは動く)。たとえば，a<-1+2と書くのではなく，a <- 1 + 2と書く。
コードは1行が長くなると視認性が悪くなる。Rのコードは，(や,，+, -などの演算子のあとに改行を入れることができる。
たとえば，上のようなコードは，1行が長い。そこで，(と),のあとに改行を入れると，コードが見やすくなる。
また，Rのコードは自由にインデント (字下げ) することができる。インデントには，通常半角スペース2つ分を用いる。
インデントには一般的なルールがあるが，インデントによってコードがエラーになることはないので，はじめのうちはそこまで気にする必要はない。基本的には，長い行を改行によって分割するときには2行目以降をインデントする。